Scriptiebank overzicht

Het doel van deze scriptie was om de mogelijkheden te onderzoeken voor het gebruik van CNN's met RGB-afbeeldingen voor de bepaling van het vers- en drooggewicht van sla gedurende een gehele teeltronde onder praktijkomstandigheden.
Van verschillende sla-cultivars (Emeldia RZ, Limambo RZ en Volumia) werden RGB
afbeeldingen verzameld. De cultivars Emeldia RZ en Limambo RZ werden elks twee keer zelf opgekweekt om slaplanten afkomstig van twee verschillende teeltrondes te bekomen. Daarnaast waren de slaplanten van de cultivar Volumia afkomstig van een externe slateler en van éénzelfde teeltronde. Van de slaplanten werden RGB-afbeeldingen verzameld onder een camerahoek van 0°, 45° en 90° ten opzichte van het grondoppervlak. Na verzameling van de RGB-afbeeldingen van de slaplanten werd een CNN-model ontworpen met het meest accurate
schattingsvermogen. Tenslotte werd het schattings- en generalisatievermogen van het
ontwikkelde CNN-model onderzocht.
De resultaten tonen aan dat het meest accurate CNN-model, afgestemd op een relatief kleine dataset, bestond uit 5 convolutielagen en volgende hyperparameters: een leerfrequentie van 0,001; een batchgrootte van 10 en 200 epochs. Het ontwikkelde model schat het vers- en drooggewicht van sla accuraat, met R2 ~ 0,92 – 0,97 en NRMSE ~ 0,19 – 0,34, voor cultivars die in de trainingsdata aanwezig zijn en onder gelijkaardige omstandigheden werden geteeld, mits voldoende trainingsdata. De schattings- en generalisatieprestaties variëren echter sterk
per cultivar, mogelijks door morfologische verschillen. Het model toont een zekere robuustheid voor variatie in camerahoeken, al resulteerden de beelden onder een camerahoek van 45° en 90° in de beste schattingen.

Deze masterscriptie onderzoekt de grens tussen lichaam en water, door een kleine waterloop als zwembaar te benaderen. Waterlopen werden in Vlaanderen lang beschouwd als infrastructuur, hygiënisch risico of juridische last, waardoor de directe lichamelijke ervaring van water uit het dagelijks leven verdween. De laatste jaren ontstaat een voorzichtige kentering die buitenzwemmen opnieuw op de politieke agenda heeft gezet. Binnen die context onderzoekt deze scriptie onder welke ruimtelijke, ecologische en lichamelijke voorwaarden een kleine, waterloop opnieuw zwembaar kan worden, en hoe een ontwerp deze voorwaarden in één samenhangend systeem kan brengen.

De Roosterbeek in Midden-Limburg dient als case. Het onderzoek combineert een lichamelijke verkenning van de beek, gesprekken met experts uit waterbeheer en ecologie, een literatuurstudie naar zwembeleid en de fenomenologische omgang met water, en ontwerpend onderzoek waarin de bevindingen ruimtelijk worden getoetst. De analyse brengt verschillende obstakels voor zwembaarheid naar voren. De beek is op meerdere plekken ingebuisd, snijdt zich steeds dieper in door versnelde afvoer, en wordt bij regen vervuild door een riooloverstort. Deze problemen zijn niet apart oplosbaar; ze vragen om een aanpak die ecologie, infrastructuur en lichamelijke beleving samenbrengt.

Het ontwerp Water Dichter vertaalt deze inzichten in een sequentie van ingrepen waarin elk obstakel niet wordt weggewerkt maar omgekeerd. Rioolslib wordt warmte, buizen worden constructies, vervuild water wordt gezuiverd en gevierd. Het ontwerp positioneert zwembaarheid als ontwerpcriterium en zorg, die uit lichamelijk contact ontstaat, als ontwerpvoorwaarde. Daarmee biedt het een aanpak voor de herdenking van vergelijkbare kleine waterlopen in Vlaanderen.

Deze scriptie onderzoekt hoe de werking van nitrificatie-inhibitoren verschilt per landbouwgrond in de Benelux. Omdat de effectiviteit van huidige producten in de praktijk sterk uiteenloopt, brengt dit onderzoek via een grootschalige bodemanalyse in kaart hoe specifieke bodemeigenschappen en doseringen deze stoffen beïnvloeden. Daarnaast evalueert de studie de ecologische impact van nieuwe kandidaat-nitrificatie-inhibitoren op het bredere bodemleven, om te garanderen dat toekomstige oplossingen de biologische balans en gezondheid van de bodem behouden.

Het inzetten van vrij rondlopende grote herbivoren vormt een hoeksteen van het natuurbeheer in Europa. De bedoeling is om via extensieve begrazing natuurlijke processen te herstellen, zoals het tegenhouden van snelle vegetatiesuccessie en het in stand houden van de structurele diversiteit van open landschappen. Hierdoor wordt dit type beheer ook wel procesbeheer genoemd. In voedselarme ecosystemen, zoals kustduinen en laaglandheiden, heeft de wijdverspreide stikstofdepositie en het wegvallen van historische verstoringen geleid tot een snelle structurele achteruitgang. Dit uit zich voornamelijk in de vestiging van sterk competitieve grassen en kruidachtigen (vergrassing of verruiging) en de vestiging van dicht struikgewas (verstruweling),
waardoor gespecialiseerde pioniersoorten worden verdrongen en de biodiversiteit afneemt. Hoewel begrazing voor natuurbeheer op grote schaal wordt ingezet om deze bedreigingen te verminderen, blijven de precieze ruimtelijke mechanismen waarmee deze dieren habitat selecteren en interageren met fysieke infrastructuur complex en contextgebonden. Deze studie evalueerde de ruimtelijke ecologie en het vermogen tot ecosysteembeïnvloeding van grote herbivoren in twee structureel verschillende landschappen: de kustduinen van de Westhoek (begraasd door een gemengde groep paardachtigen bestaande uit Konikpaarden en Shetlandpony’s en een kudde Schotse hooglanders) en de laaglandheide van de Kalmthoutse Heide (begraasd door een kudde Galloway-runderen). Om de kloof tussen de bewegingen van individuele dieren en successieveranderingen op landschapsschaal te overbruggen, maakte dit onderzoek gebruik van een meerledig
methodologisch kader dat was onderverdeeld in drie afzonderlijke werkpakketten (WP). Ten eerste
werd Continuous-Time Movement Modelling (ctmm) toegepast op GPS-telemetriegegevens om
het gebruik van ruimte met grensbeperkingen en ruimtelijke verzadiging in kaart te brengen (WP1).
Deze benadering corrigeerde wiskundig voor inherente temporele autocorrelatie en maakte gebruik
van Degrees of Freedom (DOF)-filtering om robuuste Autocorrelated Kernel Density Estimates
(AKDE) te extraheren. Ten tweede werden geïntegreerde Resource Selection Functions (iRSF)
ingezet om de habitatkeuze op kleine schaal en de onderliggende milieubeperkingen te evalueren
(WP2). De iRSF-modellen gebruikten specifiek het AKDE-gebied van elk dier als
beschikbaarheidsbasis, waardoor de habitatkeuze strikt werd geëvalueerd ten opzichte van het
toegankelijke landschap, terwijl tegelijkertijd rekening werd gehouden met continue variabelen
zoals topografie, afstand tot water en afstand tot antropogene infrastructuur (paden en hekken).
Ten slotte werden vegetatiehoogtekaarten met hoge resolutie uit 2020 en 2025 in de Westhoek
geanalyseerd om dit ruimtelijk gedrag te koppelen aan structurele landschapsveranderingen
(WP3). Door ruimtelijke pixels te categoriseren in vegetationele overgangstoestanden (Stabiel,
Regressie of Toename), werd de cumulatieve ruimtegebruiksintensiteit van de paarden
gemodelleerd tegen abiotische stressfactoren om de werkelijke drijvende krachten achter de
vegetatiedynamiek te bepalen.
De ruimtelijke modellen (WP1) brachten fundamentele verschillen in de ruimtelijke basisecologie
aan het licht, die worden bepaald door eigenschappen op soortniveau en de dynamiek binnen de
kudde. Uit de ruimtelijke tracking bleek dat noch de paardachtigen in de Westhoek (na de corridor
opening) noch de Galloway-runderen op de Kalmthoutse Heide biologisch verzadigd zijn. Hun
leefgebieden worden dus niet volledig bepaald door de fysieke grenzen van de reservaten, wat
wijst op actieve en doelgerichte ruimtelijke keuzes. De Galloway-runderen vertoonden relatief grote
seizoensgebonden schommelingen in de omvang van het leefgebied, wat wijst op dynamische
aanpassingen aan de beschikbaarheid van voedselbronnen. Omgekeerd vertoonden de
paardachtigen in de Westhoek het hele jaar door relatief stabiele leefgebieden, wat wijst op een
biologisch verschil waarbij paardachtigen minder gevoelig zijn voor seizoensgebonden fenologie.
De paardachtigen vertoonden echter wel significante seizoensgebonden verschuivingen in hun
kerngebieden, wat bevestigt dat, hoewel hun totale gebied stabiel blijft, hun interne foerageerfocus
dynamisch verschuift. Bovendien zorgde een lage interindividuele variatie voor een vrij
samenhangende kuddedynamiek bij de runderen, terwijl een hoge interindividuele variatie onder
de paardachtigen leidde tot duidelijke divergentie tussen subkuddes. Daarnaast evalueerde WP1
de impact van het herstel van de landschapsconnectiviteit in de Westhoek via de opening van een
corridor in de winter van 2022-2023. Hoewel de opening een aanzienlijke uitbreiding van de
absolute omvang van de leefgebieden van de paardachtigen veroorzaakte, werd deze uitbreiding
niet uniform door de hele groep overgenomen, wat benadrukt dat landschapsconnectiviteit wordt
gemedieerd door lokale locatietrouwheid en interne sociale structuren.
De evaluatie van de habitatkeuze op kleinschalig niveau (WP2) bevestigde deze verschillen op
soortniveau nog eens extra. Op de Kalmthoutse Heide fungeerden de runderen als biologische
filters: ze zochten actief habitat op met een begraasbare laag (bijvoorbeeld gras- of boomopslag)
en vermeden zuivere heidegebieden zonder begraasbare laag. Deze selectie was het sterkst
tijdens de voorjaarsgroei en werd geleidelijk breder naarmate het groeiseizoen ten einde liep. In
de Westhoek kozen paardachtigen onevenredig vaak voor open, grasrijke vegetatie boven dicht
struikgewas, hoewel morfologische verschillen de kleinere Shetlandpony's waarschijnlijk in staat
stelden om ijle vegetatie (bijv. Schaarsbegroeid) en laag struikgewas (Kruipwilg_laagstruweel)
gunstiger te exploiteren. Deze divergentie geeft aan dat kleinere paardachtigen niches kunnen
exploiteren die grotere paardachtigen negeren of waarin ze niet kunnen overleven door gebruik te
maken van andere biomechanische eigenschappen en kleinere beetgroottes, waardoor de totale
ecologische impact op het landschap wordt verbreed.
Naast de categorische vegetatie werd de ruimtelijke verspreiding aanzienlijk beïnvloed door
voortdurende abiotische en antropogene beperkingen. Nabijheid van water bleek in beide
reservaten geen beperkende factor te zijn; noch de paardachtigen, noch de runderen vertoonden
een afhankelijkheid van stilstaand oppervlaktewater, maar toonden ruimtelijke neutraliteit of actieve
vermijding. Topografisch gezien kozen de runderen (in de lente), de grotere Konik-paarden (in de
zomer en herfst) en de Shetlandpony (in de herfst) actief voor vlakker terrein, waarschijnlijk om de
metabolische bewegingskosten te minimaliseren. Hoewel de Shetlandpony deze voorkeur voor
vlakker terrein in de herfst deelde, week hij in de zomer af van de Koniks door topografisch neutraal
te blijven. Deze seizoensgebonden divergentie suggereert ofwel dat de kleinere lichaamsmassa
van de pony voor meer wendbaarheid zorgt, waardoor het relatieve metabolische nadeel van
voortbeweging op steilere hellingen afneemt, ofwel dat de solitaire pony door de Konik-kuddes of
de Schotse hooglander kudde competitief wordt verdrongen naar minder gunstige, steilere
topografie. Wat de menselijke infrastructuur betreft, dwongen de modellen een heroverweging af
van de visie van algemene antropogene vermijding. Terwijl de omheiningen van het reservaat
fungeerden als een ruimtelijke barrière voor de paardachtigen (in de lente en winter, voornamelijk
gedreven door de Shetlandpony), fungeerden ze als een ruimtelijk aantrekkingspunt voor de
Galloway-runderen in de lente. Gelijkaardig werkten de interne paden als ruimtelijke
aantrekkingspunten voor zowel de Shetlandpony als de Galloway-runderen. Dit toont aan dat grote
herbivoren, in plaats van menselijke infrastructuur universeel te vermijden, padennetwerken
potentieel kunnen gebruiken als navigatiecorridors, en omheiningen als structurele
oriëntatiepunten.
Terwijl WP1 en WP2 vaststelden hoe de paardachtigen in de Westhoek navigeren en hun habitat
selecteren, evalueert WP3 de wederzijdse ecologische impact: hoe de langdurige ruimtelijke
aanwezigheid van deze herbivoren actief het successietraject van de vegetatie in het reservaat
beïnvloedt. Door veranderingen in vegetatiehoogte te modelleren tegen de achtergrond van
cumulatieve ruimtegebruiksintensiteit en abiotische beperkingen, ontstaat een ruimtelijk verhaal
over de voordelen en beperkingen van top-downcontrole door grazers. De vegetatiemodellering
toonde aan dat een hoog cumulatief ruimtegebruik door paardachtigen fungeert als een effectieve
preventieve barrière tegen de initiële vorming en verspreiding van ruige vegetatie. De gegevens
definieerden echter tegelijkertijd de grenzen van deze top-down biologische controle. Zodra
houtige of ruige vegetatie de initiële herbivoriebarrière met succes doorbreekt, volstaat intens
ruimtegebruik niet meer om de terugtrekking ervan af te dwingen. Gedreven door een
synergetische combinatie van lokale nutriëntenafzetting, mechanische bodemverstoring en
verminderde concurrentie, kan intensief ruimtegebruik door paardachtigen zelfs de verticale groei
van gevestigd hoog struikgewas bevorderen. De ontmanteling van vegetatie in een laat, volwassen
stadium wordt uitsluitend aangedreven door bottom-up abiotische stressfactoren in plaats van top
down herbivorie. De diepte van het grondwater in het voorjaar had het meest uitgesproken effect
op de vegetatiedynamiek: het bepaalde de stabiliteit van pioniersmatrices, stimuleerde de
terugtrekking van ruige vegetatie en fungeerde als de belangrijkste natuurlijke stressfactor die de
voortdurende groei of aanwezigheid van laag en hoog struikgewas voorkwam. Bovendien werd de
dynamiek van ondieper gewortelde grassen en kruiden gedicteerd door hoge omgevingsstress,
waarbij deze matrices groeiden en afnamen in gebieden die gekenmerkt worden door diep
grondwater, steilere hellingen en een hoge blootstelling aan de zon.
Voor natuurbeheer biedt deze thesis duidelijke, op gegevens gebaseerde aanbevelingen met
betrekking tot het gebruik van vrij rondlopende grote herbivoren. Uiteindelijk toont deze studie aan
dat de impact van deze grote herbivoren als ecosysteemingenieurs niet uniform of absoluut is. De
ruimtelijke dynamiek bevestigt dat ruimtegebruik een effectief, gericht instrument kan zijn om
vroege successie te stoppen, open matrices in stand te houden en gedegradeerde habitats aan te
pakken. Omdat grazers echter geen gevestigd struikgewas kunnen ontmantelen, vereist het
terugdringen van volgroeide houtige begroeiing een strategische, dubbele beheersaanpak die
biologisch ruimtegebruik koppelt aan gerichte mechanische ingrepen. Bovendien benadrukt de
ruimtelijke divergentie van de Shetlandpony de cruciale waarde van morfologische diversiteit.
Specifiek geeft deze divergentie aan dat kleinere paardachtigen, door gebruik te maken van andere
biomechanische eigenschappen en een kleinere hapgrootte, niches kunnen benutten die grotere
paardachtigen negeren of waarop ze niet kunnen overleven, waardoor de totale ecologische impact
op het landschap wordt verbreed. Ten slotte wijst de aantrekkingskracht van paden en het
verspreidingseffect van corridors op nieuwe, proactieve beheersmogelijkheden. In plaats van
menselijke infrastructuur als een verstoring te beschouwen, kunnen beheerders strategisch interne
padennetwerken en corridors ontwerpen die als biologische trechters fungeren, waardoor grazers
naar specifieke doelgebieden worden geleid en de ecologische manipulatie (engineering) in het
bredere landschap wordt gemaximaliseerd.

De steeds toenemende hoeveelheid voedselafval en de vraag naar alternatieve eiwitbronnen zorgen voor extra belangstelling in de industrialisering van de zwarte soldatenvlieg larven (BSFL) kweek. BSFL worden steeds meer erkend vanwege hun potentieel voor duurzaam afvalbeheer en als eiwitrijke voedselbron vanwege hun vermogen om organisch afval om te zetten in waardevolle biomassa. Echter is de invloed van hun darmmicrobiota op hun groei en ontwikkeling nog onvoldoende bekend.

Deze studie richt zich op de ontwikkeling en optimalisatie van een axenisch (kiemvrij)
model voor BSFL, Hermetia illucens, om de rol van de microbiota in de larvale ontwikkeling beter te begrijpen en de efficiëntie van op BSFL gebaseerde bioconversie-systemen
te verbeteren. De sterilisatie van BSFL-eieren werd uiteindelijk bereikt door afwisselende behandelingen met ethanol en natriumhypochloriet.

Vervolgens werden de axenische larven gekweekt op verschillende behandelingen en met elkaar vergeleken. De onderzochte behandelingen waren steriele, niet-steriele en voorgeïncubeerde vormen van kippenvoer en tarwezemelen. Door voorafgaande incubatie konden micro-organismen, voor sterilisatie, potentieel gunstige metabolieten produceren. Met deze proefopzet kon worden beoordeeld of deze microbiële metabolieten de groei konden ondersteunen zonder de aanwezigheid van levende micro-organismen. Hieruit is er dan gebleken dat de microbiële activiteit een positieve invloed heeft op de groei van axenische BSFL voor het minder kwaliteitsvolle tarwezemelen als kweeksubstraat.

Kippenvoer en tarwezemelen bieden echter een beperkte flexibiliteit bij het aanpassen van hun samenstelling. Hiervoor zijn op bouillon gebaseerde diëten een veelbelovende
oplossing. Echter is er gebleken dat de larven een driedimensionale structuur nodig hebben om hun natuurlijke kruip- en voedingsgedrag te ondersteunen. Uit de onderzochte bouillons en matrices, leverde vlas in combinatie met een eiwitrijke bouillon de beste resultaten op. Daarmee is dit dieet veelbelovend voor toekomstig onderzoek naar optimalisatie van de kweeksubstraten.

Onze scriptie vertrekt uit een bezoek aan Lisjak tijdens onze uitwisseling aan de universiteit van Koper (Slovenië), waar de vraag rees hoe reststromen als olijfpomace en -bladeren circulair te valoriseren.
IC rapport ultimate final count…
Onder begeleiding van olijfoliesommelier Wim Renneboog werkten we via designsprints een oplossing uit die olijfpomace ter plaatse omzet in hoogwaardige maatwerkcompost, afgestemd op blad- en bodemanalyse. Het model draait niet alleen in het oogstseizoen: buiten die periode verwerken we andere organische reststromen met lokale partners, zodat productie en impact jaarrond blijven. Zo koppelt de aanpak bodemherstel en weerbaardere olijfbomen aan een sluitende businesscase voor telers en perserijen.

De studie richt zich op het optimaliseren van groeimedia voor darmbacteriën van honingbijen, die een cruciale rol spelen in de gezondheid van bijen en hun kolonies. Omdat standaard kweekmedia vaak niet geschikt zijn, is onderzocht welke aangepaste media nodig zijn voor verschillende bacteriesoorten zoals Commensalibacter, Gilliamella, Snodgrasella, Apibacter en Bombella.

Uit de resultaten blijkt dat toevoeging van charcoal de groei kan bevorderen door schadelijke stoffen te binden, maar dat elke bacteriesoort zijn eigen voorkeur heeft voor specifieke media. Er bestaat dus geen universeel groeimedium. Dit betekent dat toekomstig onderzoek zich moet richten op soorten-specifieke media of co-culturen die de natuurlijke darmomgeving nabootsen.

Het onderzoek is niet alleen technisch relevant, maar draagt ook bij aan betere inzichten in bijengezondheid, mogelijke probiotica voor bijen en breder microbioomonderzoek. De kernconclusie: de gezondheid van bijen begint bij hun darmmicroben, en hun bestudering begint bij het juiste groeimedium.

In mijn thesis heb ik een nieuw model ontwikkeld om gerichter onconventionele autofagie uit te schakelen, zonder daarbij conventionele autofagie te verstoren. Hierdoor kunnen we deze methode in de toekomst verder gebruiken om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken en het fysiologische belang van dit proces verder aan te tonen. Meer bepaald heb ik tijdens mijn thesis-onderzoek het model gevalideerd met verschillende read-outs (co-immunoprecipitatie, LC3-lipidatie, TNF-geïnduceerde celdood en ferritine afbraak). Daarnaast toonde ik ook aan dat onconventionele autofagie betrokken is bij ferroptose, hetgeen bevestigt dat mijn model gebruikt kan worden om nieuwe functies van onconventionele autofagie te ontdekken.

De fotosynthetische capaciteit van verschillende boomsoorten en lianen werd voor de allereerste keer vergeleken tussen twee sites in het Amazonewoud enerzijds en één site in het Centraal-Afrikaanse regenwoud anderzijds. De fotosynthese was opvallend hoger in het Afrikaanse bos. We zouden dus best verschillende parameters gebruiken voor beide regenwouden in vegetatiemodellen. Zo kunnen we klimaatverandering en de impact ervan beter voorspellen. Dit onderzoek kan helpen om meer aandacht te vestigen op het vaak vergeten Afrikaanse regenwoud.

Lianen zijn structurele parasieten die bomen beklimmen om toegang te krijgen tot de bovenste bladerdaklaag. Hun abundantie en biomassa nemen toe in de Neotropen, wat waarschijnlijk de werking van deze tropische gebieden beïnvloedt. Lianen hebben minder structureel weefsel en beperken de groei van bomen, waar door de aangetaste bossen minder koolstof vastleggen. Hun bladreflectie is gemiddeld hoger dan die van bomen, wat de spectrale signatuur van de tropische bossen verandert.
Deze studie onderzoekt de structurele en biochemische bladkenmerken van lianen en bomen in een secundair tropisch regenwoud in Panama. De onderzochte kenmerken omvatten bladdikte, equivalente waterdikte (C), bladmassadichtheid (LMA) en koolstof- en stikstofgehalte, evenals hun stabiele isotopen δ13C en δ15N. Daarnaast wordt de bladreflectie tussen 350 en 2500 nm onderzocht, met de focus op verschillen tussen de twee groeivormen en hoe deze kenmerken variëren met seizoensveranderingen. Door een combinatie van bladkenmerkmetingen en hyperspectrale reflectiegegevens, werden statistische testen en lineaire gemengde effectenmodellen gebruikt om de gegevens te analyseren.
De resultaten onthullen significant lagere LMA, C en δ13C-gehalte voor lianen dan voor bomen. Seizoensgebondenheid heeft geen significant effect op de bladkenmerken. De reflectie van lianenbladeren is significant hoger dan die van bomen in twee van de vier waterbanden in het kortgolvig infraroodgebied en het groene gebied. Daarnaast beïnvloeden seizoensvariaties de reflectie-eigenschappen van bomen. Ze blijken significant verschillende reflecties te hebben tussen seizoenen in de twee overgebleven waterbanden en het nabij-infraroodgebied. Lianen daarentegen worden niet significant beïnvloed door seizoensgebondenheid in de vooraf bepaalde banden. De Kullback-Leiber divergentie van de reflectiespectra tussen seizoenen is meer dan 4 keer groter voor bomen dan voor lianen. Deze bevindingen suggereren dat onderzoek naar de reflectie van boombladeren seizoensgebondenheid in aanmerking moet nemen. Voor lianen daarentegen lijkt de reflectie weinig beïnvloed door seizoensgebondenheid. Zowel de bladkenmerken als de reflectie van lianen lijken stabiel te zijn gedurende het natte en droge seizoen.
Onze bevindingen suggereren dat de onderscheidende structurele en biochemische kenmerken van lianen en bomen een cruciale rol spelen in hun ecologische strategieën en interacties binnen het bosecosysteem. Verder benadrukt de studie het potentieel van hyperspectrale reflectie als een proxy voor het monitoren van blad v kenmerken. Deze inzichten dragen bij aan een beter begrip van de ecologische rollen van lianen en bomen en hun reacties op milieuveranderingen, wat essentieel is voor het voorspellen van de gevolgen van klimaatverandering voor tropische bosecosystemen

Een bacteriëmie duidt op de aanwezigheid van bacteriën in het bloed. Bacteriëmie kan het gevolg zijn van dagelijkse handelingen zoals tandenpoetsen en flossen. In die gevallen verloopt bacteriëmie meestal asymptomatisch en elimineert het immuunsysteem de binnengedrongen bacterie. Wanneer het immuunsysteem hierin faalt, evolueert bacteriëmie naar een septicemie dat een systemisch inflammatoir respons en infectie omvat. Onbehandeld leidt dit septische shock en mogelijks sterfte. Deze infecties zijn ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired en gaan gepaard met hoge morbiditeit en mortaliteit. Preventieve maatregelen en een tijdige behandeling zijn noodzakelijk. In dit laatste vervult het microbiologische labo een onontbeerlijke rol (Christaki & Giamarellos-Bourboulis, 2014; Smith & Nehring, 2023).

In het literatuurgedeelte van dit eindwerk worden bacteriëmie en septicemie algemeen besproken. Er wordt gestart met een introductie van bacteriëmie gevolgd door de klinische verschijnselen. In het deel etiologie wordt omschreven welke criteria bepalen of de bacteriëmie primair of secundair is, alsook ziekenhuis-geassocieerd of community-acquired. De meest frequente oorzaken worden eveneens aangehaald. In het deel incidentie wordt omschreven welke micro-organismen regelmatig geïsoleerd worden bij nosocomiale infecties en met welke hulpmiddelen deze infecties geassocieerd zijn. Hierna volgt de algemene pathogenese van bacteriëmie. De verschillende stappen van het infectieproces en daarbij gebruikte virulentiefactoren worden besproken. Vervolgens wordt de rol van het immuunsysteem in bacteriëmie beschreven. Dit deel start met de immunologische afweermechanismen, gevolgd door de bacteriële virulentiefactoren ter evasie en triggering van het immuunsysteem. De literatuurstudie wordt afgesloten met de antibacteriële therapie in bacteriëmie. In dit deel worden de neveneffecten van breedspectrumantibiotica omschreven en het belang van de terugschroeving tot smalspectrumantibiotica.

In het deel van de casusbespreking worden vijf positieve hemoculturen uitgewerkt. Dit deel start met de omschrijving van de algemene procedure voor de verwerking van positieve hemoculturen. Nadien volgt het principe van de gebruikte toestellen en analyses tijdens het routinewerk. Daarna volgen de uitwerkingen van hemoculturen. Elke casus start met een korte achtergrond en probleemstelling waarin de patiënt zich bevindt. Vervolgens worden de gebruikte materialen en methoden omschreven. Hierna volgen de verkregen resultaten en besprekingen. In de conclusie worden de belangrijkst bevindingen kort aangehaald.

Deze scriptie onderzoekt met behulp van een computersimulatie de invloed van verschillende omgevingsfactoren zoals nutriëntenniveaus en disrupties op de evolutie van cellulaire hechtingsterkte in bacteriële biofilms. Dit is relevant in de medische sector (o.a. besmetting van patiënten en medisch gereedschap), maar ook voor allerlei industriële toepassingen zoals corrosie van metalen installaties.

Soils are everywhere and they are teeming with life. They contain over 59% of all biodiversity and these different species are in close contact with each other. Soil organisms interact with such a vast array of other soil organisms that they construct an intricate soil community network, which is still poorly understood. However, global change is pushing down on these smaller life forms and, by extent, threatening the world as we know it. The loss in soil biodiversity is tangible in the functional network and stunts the performance of entire ecosystems.

This thesis will point our gaze downwards, literally. We will explore the intricate soil network, comprised of life such as microscopic insects, worm-like organisms, fungi and bacteria. While largely invisible, the cooperation of these organisms keeps both the natural world and our civilisation running, as they deliver valuable ecosystem functions which shape our aboveground worlds. Bacteria are an essential cornerstone in soil networks. For instance, they are crucial in the decomposition process, in which they recycle organic matter and thus revitalise the ecosystem. This was our reason to further look into how Bacteria are impacted by the loss of whole groups from the soil network.

This research has found that subsequentially losing more and more different organism groups results in bacterial communities which differ significantly from each other. As their composition changes, the benefits they provide to the ecosystem change as well. We showed that the ability of bacteria to recycle nutrients is drastically impeded as the soil networks are degrading. This will in turn cause further decline in biodiversity as certain species will be unable to sustain their nutritional needs

Plant productivity was affected as well. While grasses seemed to be more resilient, herbs decreased in their performance, which could ultimately have important consequences for the ecosystems, such as a lower abundance of flowers for pollinators.

This study underlines the efficiency of a diverse soil system. Due to the disruption in the trophic and decomposition networks, the functioning of the overall soil network declines in its efficiency. This is alarming considering these belowground communities are the foundation of our aboveground world.

Een studie in de variabilitieit van waterkolom denitrificatie in zuurstofminimumzones in de Oostelijke Tropische Stille Oceaan.

In natuurgebieden wordt steeds vaker met zware machines gemaaid, maar dit zorgt voor bodemverdichting. Daardoor verhogen de concentraties nutriënten en toxische elementen in de bodem, verandert de samenstelling van het bodemmicrobioom en treedt er plantensterfte op. Elk van deze effecten kan een negatieve invloed hebben op planten, waardoor handmatig maaien te verkiezen is boven maaien met zware machines.

Vluchtige organische stoffen zijn secundaire metabolieten die geproduceerd worden door planten, dieren en microben. Hun uitstoot is goed onderzocht in bovengrondse ecosystemen, maar niet in de bodem. In dit onderzoek werd er geprobeerd een methode te vinden om deze stoffen te meten.

Een zakje vers versneden sla uit de supermarkt bevat gemiddeld zo’n één miljoen bacteriën per gram sla. Hoe geraak je dan van al deze bacteriën af vooraleer je de sla opeet? Simpelweg niet, onmogelijk zelfs… en meer nog, onnodig. In deze masterproef* werd namelijk onderzocht of de vele bacteriën op Romeinse sla, welke voornamelijk goede bacteriën zijn, een hindernis kunnen vormen voor de groei van uitzonderlijk aanwezige ziekmakende bacteriën zoals Listeria monocytogenes.

De zuivering van grijswater voor hergebruik in een huishouden met membraanbioreactoren waarbij keramische membranen gebruikt worden voor de onderhoudsfrequentie te verlagen.

Tiërra is het afstudeerproject van Ornella Torres Melkebeek gerealiseerd onder begeleiding van Frank Goethijn (Productontwikkeling UA) in het academiejaar 2019-2020.
Het resultaat is een product-set voor tuin en moestuin eigenaars waarmee zij zelf, microbieel bodemverbeteringsmiddel kunnen aanmaken. Dit middel toepassen verhoogt de hoeveelheid micro-organismen in de bodem en aldus ook de bodemgezondheid op een biologische manier.

Patiënten met type 1 diabetes worden tot op heden behandeld met insuline-injecties, die gevaarlijk lage bloedsuikerspiegels teweeg kunnen brengen en onvoldoende beschermen tegen de chronische complicaties die deze ziekte met zich meebrengt. Een echte curatieve therapie voor type 1 diabetes zou het herstel van de oorspronkelijke populatie beta cellen kunnen zijn door middel van regeneratie. Wij hebben een methode gevonden om beta cellen in muizen terug te doen delen door de bloedvaten in eilandjes van Langerhans te laten wegtrekken en terug te doen groeien.

Lianen verlagen de koolstofopslag in tropische bossen en versnellen zo de klimaatverandering. Er is echter nog maar weinig gekend over de droogtetolerantie van lianen. De onderzochte lianen maken gebruik van een spectrum aan overlevingsmechanismen en blijken sterk gewapend te zijn tegen droogte. De integratie van het heterogene en droogtetolerante karakter van lianen in klimaatmodellen is noodzakelijk om de klimaatverandering nauwkeuriger te gaan voorspellen.

Metabarcoding studie naar de invloed van chitine op het microbioom van slaplanten, gevolgd door een genoomonderzoek van de schimmel Mortierella hyalina.

Mariene ecosystemen bieden belangrijke ecosysteemdiensten als waterkwaliteitsregulatie,
golfdemping voor kustbescherming, visserij. Niettemin zorgen menselijke activiteiten als visserij, baggerwerken, zand- en grindextractie... voor een homogenisering van de zeebodem habitatstructuren. Het zandbankensysteem in het Belgisch deel van de Noordzee bestaat hoofdzakelijk uit zandbanken met een variërende sedimentsamenstelling en een geassocieerde soortenverspreiding. Zandbanken met fijne sedimenten en een hoog moddergehalte, zeldzamer in ruwe omstandigheden offshore, herbergen de hoogste soortendiversiteit en -dichtheid. Echter
verlaagt nutriëntenaanrijking uit kustgebieden soortenrijkdom. Habitatstructurerende soorten als de blauwe mossel zijn gekend het fijn zand in te vangen en het moddergehalte te verhogen.
Verschillende studies tonen een hogere vis- en kreeftachtigenproductie nabij tweekleppige riffen.

In Vlaanderen moeten de landbouwers voldoen aan de normen en plichten die men opgelegd heeft via de overheid, in het MAP 6. Landbouwers mogen minder en minder bemesten, gronden raken uitgeput en opbrengsten dalen. Daarbij komt de verplichte inzaai van vanggewassen, wat voor- en nadelen heeft. In 2019 heeft men een uitzonderlijke toelating gegeven om wintertarwe uit te zaaien als vanggewas. Dit omdat wintertarwe normaal gezien groen de winter en heeft dan al N onttrokken uit de bodem, wat op zijn beurt zorgt voor een lager N residu.

Door de verminderende bemestingsnormen is men op zoek naar manieren, oplossingen, methodes om de N uit dierlijke en anorganische mest efficiënter te benutten. Jorion- Philipseeds kwam in 2018 uit met B-up coating, dit is een coating bestaande uit humus- en fulvozuren. Dit testte men in mais uit, met positief resultaat. In deze bachelorproef wordt er B-up coating getest met wintertarwe. Door de humus- en fulvozuren tracht men een snellere kieming te verkrijgen, zo kan het tarweplantje sneller beginnen groeien. De zuren zorgen voor een betere vrijstelling van mineralen, N en P. Hierdoor wordt er een betere en efficiëntere benutting verkregen van N en P wat zeer belangrijk is voor kiem- en jeugdgroei. Men wil de plant zo snel mogelijk boven de grond krijgen, dan is deze minder vatbaar voor schimmels en ziektes in de bodem. De humus- en fulvozuren zorgen voor een ontbinding van mineralen en P van het humuscomplex, hierdoor is er een veel sterkere wortelontwikkeling en langere wortels. In periodes wanneer de plant stress heeft, zoals de extreme droogtes de laatste jaren, is de plant beter voorzien van vocht en dus weerbaarder. Men heeft dus een gezondere plant voor ogen door de hogere opname van nutriënten en voldoende vocht door de betere wortelzetting.

Combining Antonio Gramsci’s cultural and counter-hegemonic theory with the ontological turn in anthropology, this thesis explores how the ontologies at radical environmental protest camps challenge the hegemonic ontology based on the division of nature and culture. The Mi’kmaq ontology at a blockade against an underground gas storage in Nova Scotia is juxtaposed with the ontology at a non-Indigenous protest camp against fracking in the United Kingdom. Although both counter-hegemonies challenge the dominant structure and superstructure through their practices, arguments and ideas, they retain distinctions. Both emphasise the entanglement of humans, other critters and commons like water, but seeing water as a self or the world as alive is less established in the English context. Yet the love for spirit water in the Mi’kmaq context is also based on a deep caring for future generations and the own world. Because of the important role stories play in the making of ontologies, both camps are introduced with a story from the site.

De voorbije decennia is er een toename in densiteit en biomassa van lianen waargenomen in tropische bossen in de Neotropen. Dit heeft een impact op onder andere boom mortaliteit, groei en diversiteit en zal ook de koolstofbalans en dynamiek worden beïnvloeden. Daarom deze studie van veranderingen in het voorkomen en in de functionele identiteit van lianen langsheen een hoogtegradiënt in Ecuador. Zo kunnen wijzigingen in de vegetatie worden gelinkt met veranderende biotische en abiotische factoren langsheen de gradiënt.

De vruchtbaarheid van bodems tussen ecosystemen op aarde vergelijken is een serieuze uitdaging. Als eerste stap om dit in de toekomst mogelijk te maken, heb ik in mijn thesis een bestaande formule voor bodemvruchtbaarheid geëvalueerd en verbeterd op basis van gegevens uit Zweedse naaldbossen.

onderzoeken hoeveel effectieve organische stof een bepaalde teelt aanbrengt in de bodem en de daarbij horende humificatiecoëficiënten onderzoeken in een zand- en een leembodem

Door klanten op maat gemaakt voedingsadvies mee te geven, wordt de duurzaamheids- en gezondheidsproblematiek m.b.t. de voedingsconsumptie gecounterd.

In het drinkwater worden vaak nog micropolluenten, restanten van pesticiden en geneesmiddelen, gedetecteerd en dit met concentraties die hoger zijn dan de limiet van 0.1 µg/L, opgelegd door de EU. De bioaugmentatie van de zandfilters, gebruikt bij drinkwaterproductie, met bacteriën die de micropolluenten kunnen afbreken of mineraliseren zou een duurzame techniek voor het verwijderen van deze micropolluenten kunnen zijn. In deze thesis werd onderzocht of een BAM-afbrekende bacterie een biofilm van zandfilterbacteriën kan binnendringen en kan overleven onder de voedselarme omstandigheden van de biofilm zonder de BAM-degraderende capaciteit te verliezen.