Scriptiebank is een vrij toegankelijke online databank. Deze bevat alle artikels en full text scripties van deelnemende bachelors en masters aan de Vlaamse Scriptieprijs.

Using reprocessed public proteomic data to detect cell line specific protein patterns

Sam van Puyenbroeck
In deze scriptie wordt een pipeline geoptimaliseerd dat vertrekkende van publieke proteoomdata van cellijnen een model traint cellijnen te herkennen.

Extracellular Vesicles in Human Plasma: Improving Diagnostics of EGFR T790M Mutation Detection in NSCLC

Winde Hilven
Deze scriptie omvat de optimalisatie van kanker bio merker detectie in bloedstalen. Welke bloedbuis is nu het efficiëntste in het stabiliseren van de gebruikte bio merkers (hier extracellulaire vesikles. Kunnen deze pakketjes ook gevangen worden met bepaalde antilichamen tegen membraan proteïnen.

Prediction of T-cell Receptor peptide binding using machine learning and ab initio principles

Ömer Sercik
In dit project vertrekken we vanuit de VDJ db. Dit is een publiekelijke data bank met TCR epitoop koppels waarvoor er een binding werd gedetecteerd. Deze data bank wordt gebruikt om machine learning en deep learning modellen te bouwen. Het ultieme doel is uiteindelijk om 1) voor een nieuw TCR epitoop koppel, de kans op een binding te bepalen en 2) voor een epitoop een geschikte TCR te bouwen zodanig dat de kans op de binding tussen het epitoop en de gebouwde TCR groot is.

Evaluatie van de timing van puberteit bij adolescente jongens met overgewicht: Associatie met laaggradige inflammatie?

Evy Berlanger
Heel wat jongens met overgewicht lijden enorm onder de fysieke en mentale gevolgen ervan. Vaak gaan ze naar de dokter omwille van groei- en ontwikkelingsproblematiek. Wat is de invloed van overgewicht op puberteit? De onderzoeksgroep van het kinderziekenhuis te UZ Brussel nam dit onder de loep.

LINE-1 retrotransposition in neuronal cells - The identification of TNPO1 and TNPO3 as host factors of LINE-1 retrotransposition

Laura Debusschere
Basisonderzoek naar LINE-1 retrotranspositie. Identificatie van nieuwe gastheerfactoren en optimalisatie van LINE-1 retrotranspositie test in neuronale cellijn. Optimalisatie van de detectie van ORF1 proteïne in muizenhersenen.

Welke genetische factoren verhogen het risico op borstkanker?

Sofie Vannerom
Met het optreden van borstkanker zijn een aantal risicofactoren geassocieerd. In deze scriptie werd gefocust op de genetische risicofactoren en hun rol bij het optreden van familiaal overerfbare borstkanker. Er wordt ook ingegaan op risicobepaling voor het optreden van dit soort kanker.

Improving ammonia secretion by Bacillus subtilis via model-driven genome network analysis and optimisation

Lucas De Vrieze
Met behulp van een metabolische netwerkmodel werden de beste genetische ingrepen gezocht die het metabolisme van de bacterie Bacillus subtilis optimaliseren voor biologische ammoniakproductie uit proteïnes. Op die manier kan dit bijdragen aan het sluiten van de menselijke stikstofcyclus.

Role of BRD4 and MLL1 in HIV transcription and reactivation

Pellaers Eline
In mijn scriptie onderzocht ik de rol van BRD4 in de basale transcriptie en reactivatie van HIV. Ik heb ook het effect van BRD4 remming op de transcriptie van LEDGIN-geheroriënteerd provirus bestudeerd. Verder heb ik MLL1 knock down cellijnen gegenereerd om de bijdrage van MLL1 in 'latency reversal' van HIV te onthullen.

Liver stage malaria - Investigating the interaction between the malaria circumsporozoite protein and host importin-α proteins

Busra Turan Chaymae Abouazza
Malaria is één van de vier dodelijkste infectieziekten en wordt overgebracht door de vrouwelijke Anopheles mug. Deze aandoening wordt veroorzaakt door parasieten van het Plasmodium genus. De levenscyclus begint met de aanwezigheid van sporozoïeten (SPZn) in de bloedbaan van de menselijke
gastheer als gevolg van een beet van een geïnfecteerde mug. Deze SPZn kunnen vervolgens de levercellen bereiken en deze binnendringen met behulp van de interactie tussen hun belangrijkste oppervlakte-eiwit, het circumsporozoïet proteïne (CSP), en hoog-gesulfateerde heparaansulfaatgroepen op de levercellen. Eenmaal in de levercel, wordt verondersteld dat CSP in het cytoplasma terechtkomt en het transport van de transcriptiefactoren naar de celkern verhindert. Op deze manier zou het immuunsysteem van de levercel mogelijk onderdrukt worden en de overleving van de parasiet bevorderd
worden. Pas wanneer de parasiet de bloedfase bereikt, is er sprake van ziekteverschijnselen zoals de kenmerkende koortsaanvallen. Het is van belang dat malaria goed en op tijd wordt behandeld om verdere complicaties te voorkomen. Als behandeling kan er gebruik gemaakt worden van chloroquine- en artemisine-gebaseerde therapieën. De stijgende resistentie tegen deze behandelingen is echter een stimulans voor het vinden van nieuwe middelen. Het doel van deze thesis was om te onderzoeken of er een interactie plaatsvindt tussen de importine-α eiwitten en het CSP van zowel P. falciparum als P. berghei. Om dit te bereiken werden PfaCSPFL en PbeCSPFL recombinant geproduceerd in E. coli en opgezuiverd via chromatografische methoden. Voor
het verkrijgen van de importine-α eiwitten van zowel menselijke als murine oorsprong, werden respectievelijk HepG2 en Hepa1-6 cellen gecultiveerd. Tenslotte werden pull-down assays uitgevoerd om de mogelijke interactie tussen CSP en importine-α eiwitten te onderzoeken.

Gene insertion and excision: a step towards the reversible immortalisation of human corneal endothelial cells

Wout Arras
Bepaling van de fundamentele aspecten die nodig zijn voor de reversibele immortalisatie van humane corneale endotheelcellen met de focus op gen introductie.

The iGEM-project 2020: biotechnical solutions to water scarcity

Marvi van Tongeren Luca Deroma Shauny Van Hoye Brent Vanvyaene
Biotechnologische oplossing voor waterschaarste met behulp van synthetische biologie. Een projectvoorstel om deel te nemen aan iGEM, een internationale competitie. Ons uiteindelijk doel is de creatie van een alternatief middel voor cloud seeding.

CRISPR-Cas9 based mutagenesis and gene silencing in zebrafish

Pieter Maene
Deze scriptie geeft een overzicht van ZFN, TALENs, CRISPR-Cas9 en CRISPRi, dit allemaal toegepast op het zebravis modelorganisme

Opbouw en karakterisatie van een nieuw ziektemodel voor Multipele Systeem Atrofie gebaseerd op virale vectoren in ratten

Nathalie Jacobs
Multipele Systeem Atrofie, of MSA in het kort, is een zeldzame hersenziekte. Er zijn voorlopig nog geen therapieën voor ontwikkeld. In onze onderzoeksgroep hebben we geprobeerd om de ziektemechanismen na te bootsen in een dierenmodel. In de toekomst kunnen hierop vervolgens nieuwe therapeutische strategieën getest worden.

A role for the neuropeptide receptor NPR-6 in C. elegans olfactory learning?

Nathan De Fruyt
Onderzoek naar de rol van het receptorproteïne NPR-6 in olfactorisch leergedrag bij Caenorhabditis elegans. Aan de hand van gedragstesten en moleculair genetsiche, biochemische en pharmacologische technieken ontdekten we een potentiële rol voor NPR-6 in verzadigingssignalering.

Development and processing of new biodegradable (bio)polymers for ocular applications

Jasper Delaey
In deze thesis is een membraan ontwikkeld om bepaalde oogaandoeningen waarbij de endotheellaag van het hoornvlies beschadigd is geraakt te genezen en zo het tekort aan hoornvlies donoren weg te werken.

Computational design of symmetrical protein scaffolds

Staf Wouters
Deze thesis beschrijft het ontwerpen, opzuiveren en karakteriseren van nieuwe stabiele, symmetrische proteïnes die nu gemodificeerd kunnen worden voor integratie in verschillende applicaties gaande van bio-farmaceutica tot groene katalyse.

De Synaptoprobe

Jasper Timmerman
Het ontwikkelen van een conceptprobe voor het meten van hersenactiviteit.

Katalytische strategieën voor deoxygenatie van aminozuren naar amines

Robin Coeck
Aminozuren, afkomstig van biomassa, slachtafval of andere zijstromen, kunnen aardolie en -gas vervangen als hernieuwbare grondstof. In deze masterthesis worden katalytische strategieën onderzocht om aminozuren te deoxygeneren naar amines.

Involvement of Kinases Sch9, Pkh1 and PKA in Start-up of Growth in S. cerevisiae

Ines Cottignie
In deze masterthesis werd het mechanisme achter de start van celgroei bestudeerd in gist via fundamenteel biologisch onderzoek. Kinasen, een bepaald type eiwitten, lijken betrokken te zijn bij het linken van celgroei met de beschikbaarheid van voeding.

Computational design of repeat proteins with putative antifreeze activity

Jeroen Vrancken
Tijdens deze scriptie werd een procedure ontwikkeld om snel en eenvoudig proteïnen met lineaire herhalingen te verlengen of verkorten. Deze procedure laat toe om meerdere energetisch geoptimaliseerde sequenties te bekomen.

Incidence of Thyroid Immune Related Adverse Events in Melanoma Patients Treated with Pembrolizumab in an Expanded Access Program

Jeroen de Filette Yanina Jansen Max Schreuer Hendrik Everaert Brigitte Velkeniers Bart Neyns
99 patiënten met een geavanceerd melanoom, behandeld met pembrolizumab (anti-PD-1) immuuntherapie, werden gevolgd voor neveneffecten ter hoogte van de schildklier. Zowel hypothyreoïdie als thyreotoxicose kwamen vaak voor; dit laatste was eveneens geassocieerd met een diffuus verhoogde 18-FDG opname door de schildklier.

Verbetering van de sensitiviteit en specificiteit van een assay voor cervixkanker, gebaseerd op biomerker combinaties uit het cervicovaginaal vocht

Margot De Graeve
Onderzoek naar verschillende eiwitcombinaties uit cervicovaginaal vocht om de sensitiviteit en specificiteit van een diagnostisch assay voor baarmoederhalskanker te verhogen.

LSU-peptiden en hun cruciale rol als regulatorische hubs tijdens de stressrespons van Arabidopsis thaliana

Hanne Claessen Barbara De Coninck
Deze masterthesis zet verdere stappen in het onderzoek naar de functie van de LSU-peptiden in Arabidopsis thaliana. Deze genen hebben een mogelijke rol in de immuunrespons van planten of het energiemetabolisme en zouden belangrijke toepassingen kunnen bieden in de gewasverbetering.

Nanobody-mediated imaging and inhibition of the immune checkpoint ligand PD-L1

Quentin Lecocq
Mijn sciptie gaat over de nanobody gemedieerde beelvorming en blokkade van immuun checkpoint PD-L1. Het doel is om een middel te ontwikkelen die gebruikt kan worden voor zowel de diagnose en behandeling van kankerpatiënten.

Heterologe expressie van het Trypanosoma evansi variabele antigenische glycoproteïne RoTat 1.2 in Leishmania tarentolae

Manon Geerts
Men tracht het variabele antigenische glycoproteïne RoTat 1.2 van T. evansi heteroloog tot expressie te brengen in L. tarentolae voor het maken van een nieuwe serodiagnostische sneltest voor de ziekte surra. Surra heeft een divers gastheerbereik (dieren), komt wereldwijd voor, verspreid zich enorm snel en veroorzaakt grote financiële schade.